Os 20 clubes participantes do Campeonato Paulista-2016 foram divididos em quatro grupos com cinco equipes cada um, sendo São Paulo, Corinthians, Palmeiras e Santos os cabeças de chave.

Na primeira fase, os times da mesma chave enfrentam somente os rivais dos outros grupos, em turno único, totalizando 15 rodadas.

Os dois primeiros colocados de cada chave se classificam para a próxima fase –a não ser que algum deles esteja entre os rebaixados.

Nas quartas de final, o primeiro colocado de cada grupo joga contra o segundo de sua respectiva chave, em partida única. Quem vencer se classifica para a semifinal.

Nesta fase, os confrontos serão definidos de acordo com a campanha de cada time. O de melhor desempenho, por exemplo, enfrenta o pior.

Tanto nas quartas quanto na semi, o mandante será definido de acordo com a melhor campanha. Se houver empate em campo, o vencedor será decidido nos pênaltis.

A final será disputada em dois jogos. A equipe com melhor campanha faz a segunda partida em casa.

Os seis times com os piores desempenhos, independentemente do grupo, serão rebaixados para a segunda divisão.