O Ministério da Educação afirmou que o sistema do Pronatec "sempre permitiu o cancelamento das matrículas" e que ocorreu "uma divergência conceitual" com a CGU durante o processo de auditoria do programa.

A pasta diz que o termo cancelamento não está explícito, mas é possível registrar matrículas "sem frequência inicial", com "frequência inicial insuficiente" e "desistente".

O MEC não explicou por que a justificativa não consta na seção destinada às manifestações do próprio ministério sobre os achados dos auditores no documento.

Questionada, a CGU manteve a afirmação feita no relatório, que foi concluído em 27 de agosto. "Durante a auditoria, a funcionalidade de cancelamento de matrículas ainda não havia sido implementada no sistema do MEC."

A controladoria disse ainda que o MEC solicitou "prorrogação de prazo para apresentar providências".

A pasta disse que as instituições do sistema S que receberam recursos em 2011 e 2012 fizeram a prestação de contas "por meio físico" e que "o processo informatizado de prestação de contas está em fase de implantação".

Sobre a reconfirmação da matrícula, o MEC afirmou que "existe uma análise mensal da frequência utilizando o sistema", sem haver pagamento para as canceladas.

O MEC também não respondeu se as prestações do Sistema S que afirma terem sido entregues foram analisadas e aprovadas. No relatório de auditoria, a pasta limita-se a dizer que "o procedimento de definição dos critérios de prestação de contas dos recursos destinados à Bolsa-Formação está em fase de conclusão".