Ao longo de dois anos e sete meses de investigação, o Ministério da Defesa e as Forças Armadas responderam um quarto dos ofícios com pedidos de informações solicitados pela Comissão Nacional da Verdade, e ainda assim as respostas apresentadas foram parciais, segundo o relatório final do grupo.
A falta de colaboração dos militares é um dos principais argumentos da comissão para o que talvez seja o seu principal fracasso, a descoberta de apenas um único desaparecido político na ditadura. No início dos trabalhos, em maio de 2012, a busca por desaparecidos era a maior prioridade dos comissários.
No seu documento final, a comissão faz um histórico da atribulada relação com as Forças Armadas.
Um dos pontos mais polêmicos foi a realização de uma sindicância, aberta a pedido da Comissão Nacional da Verdade, para investigar assassinatos e casos de torturas em unidades do Exército, Marinha e Aeronáutica nos Estados do Rio de Janeiro, São Paulo, Minas Gerais e Pernambuco.
Os comandantes das três Forças informaram não ter havido desvio de finalidade nas referidas unidades e não fizeram qualquer menção aos casos apresentados de presos políticos detidos, torturados ou assassinados nas dependências militares. Segundo eles, não há qualquer evidência de que os crimes ocorreram.
A comissão, em resposta, atestou a "completa incompatibilidade" entre a conclusão das Forças Armadas e o "fato de que o Estado Brasileiro já reconheceu oficialmente sua responsabilidade pelas graves violações de direitos humanos ocorridas naquelas instalações militares, incorrendo, inclusive, no pagamento de reparações".
Para os comissários, os militares continuam fechados em relação ao próprio passado ao negar crimes relatos pela Comissão Nacional da Verdade e já reconhecidos pelo Estado.
A comissão também tentou obter informações nos arquivos das Forças Armadas sobre os mortos e desaparecidos políticos. De acordo com o grupo, foram submetidos a exame 456 casos, mas somente seis foram respondidos com informações relevantes.
Um êxito dessa relação, que permeou vários encontros entre comissários, militares e Ministério da Defesa, foi o acesso às folhas de alterações dos militares. Foi por meio delas que a comissão conseguiu apontar a responsabilidade do general José Antonio Nogueira Belham no assassinato do ex-deputado Rubens Paiva em 1971.
O documento mostra que Belham, mesmo em férias, recebeu diárias para uma missão secreta e esteve no DOI-Codi do Rio, órgão que dirigia à época, na data da prisão de Paiva.
O militar nega envolvimento, mas a Comissão Nacional da Verdade está convencida de que essa missão estava relacionada à prisão e morte de Paiva.
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| O deputado Rubens Paiva, morto em 1971 |