Desde o início, em março de 2014, a Operação Lava Jato suscita críticas no meio jurídico. O juiz Sergio Moro, responsável pelo caso na Justiça Federal, é o principal alvo. Critérios e métodos da procuradoria, da Polícia Federal e de tribunais que julgam envolvidos com foro privilegiado também são censurados.
Uma dura acusação foi feita em março pelo advogado Alexandre Lopes, defensor do ex-diretor da Petrobras Renato Duque, que chegou a ser solto por ordem do STF (Supremo Tribunal federal), mas depois voltou à cadeia.
"Tribunais estão amedrontados pelo clamor das ruas. A pressão é tão grande que os ministros acabam violentando suas convicções pessoais", disse. "Para o juiz Sergio Moro, vigora o princípio contrário: o de presunção de culpa."
Haveria também uma supervalorização de delações premiadas, dizem alguns. "Delações são provas precárias e inconfiáveis", disse Nelio Machado, defensor do lobista Fernando Soares. "O delator tem outros interesses do que dizer a verdade."
Em maio, quando retirou seu apoio a um evento que teria Moro entre os palestrantes, o advogado Arnaldo Malheiros justificou assim a sua decisão: "Não vou pagar para dar palco a quem viola constantemente o direito de defesa e falará sobre colaborações que sabemos bem como se dão". Era uma referência à constante acusação de que prisões são usadas como pressão para obter delações.
Em parecer para um réu, o ex-ministro do Superior Tribunal de Justiça Gilson Dipp defendeu que o acordo de delação do doleiro Alberto Youssef é ilegal. Apontou omissão ao descumprimento de um pacto anterior, de 2003, e citou falta credibilidade do doleiro, que já mentiu à Justiça.
Quando esse pedido para anulação da delação foi levado ao STF, o ministro Dias Toffoli rejeitou o pleito. Ele não chegou a discutir o mérito da questão, afirmando que o tipo de recurso apresentado pela defesa não era cabível.
Outra crítica constante é contra o fato de o caso correr em Curitiba, na comarca de Moro. Alguns argumentam que os ilícitos contra a Petrobras apontados pelos procuradores teriam sido no Rio, sede da estatal. Moro alega que Youssef, personagem central desde a origem da apuração, atuava em Curitiba.